Однако и к девясилу имеются серьёзные противопоказания, к примеру, нельзя назначать его препараты людям с тяжёлыми сердечно-сосудистыми заболеваниями. Противопоказан он при заболеваниях почек.

Отвары и настои из корней девясила снижают выделение пищеварительных ферментов в желудке и вместо пользы могут нанести вред при гастритах с низкой кислотностью.

Девясил высокий, в отличие от британского, противопоказан при женских заболеваниях с чрезмерными менструациями. С осторожностью следует отнестись к нему гипотоникам.

Девясиловое вино, рекомендуемое для выздоравливающих и ослабленных людей, повышает — в противоположность отвару корней в воде — кислотность желудочного сока, его следует исключить при гиперацидном гастрите и язвенной болезни желудка в период обострения. По мнению Амирдовлата Амасиаци, «девясил уменьшает образование крови». Нельзя применять его при беременности.

К доннику лекарственному надо относиться с предельной осторожностью, в особенности если он приобретён на рынке или у недобросовестных сборщиков трав. Дело в том, что при неправильном высушивании в сырую погоду, даже при незначительном появлении плесени — в нём резко возрастает количество антикоагулянта дикумарина, ценное лекарство превращается в яд, а это угрожающе понижает свёртываемость крови, приводит к гемофилии. Наступает поражение печени, открывается кровотечение из почек, могут возникнуть кровоизлияния. Вообще донник при передозировке, в большом количестве, вызывает поражение печени, даже паралич центральной нервной системы.

Противопоказаниями к применению донника лекарственного служат гипотония, беременность, пониженная свёртываемость крови, заболевания почек с гематурией. Передозировка и длительное применение вызовут головную боль, рвоту, беспокойный сон и даже паралич.